Anno 1325 schenkt Poppo von Watzdorf dem Zisterzienserkloster zu Saalburg Güter und Grundstücke. Remptendorfer Chronisten wie auch die Thimmendorfer gehen davon aus, dass dies die älteste urkundliche Erwähnung ist. Die tatsächliche Entstehung des Ortes ist mit Sicherheit um Jahrzehnte früher anzusetzen. Ursprünglich war der Ortsname „Timmendorf", später „Thiemendorf" und 1553 „Thymmendorf".

Im Tal, nach dem sich das Dorf heruntersenkt, liegt eine kleine Siedlung, früher wie heute „Trotzenburg" genannt. Hier befand sich bis ins 18. Jahrhundert ein Vorwerk zum Rittergut, das den Herren von Watzdorf gehörte. Thimmendorf gehörte - mit geringen Unterbrechungen - zum Fürstentum Reuß-Lobenstein und mit diesem seit 1849 zum Fürstentum Reuß jüngere Linie. Die politische Zugehörigkeit zum Landkreis Schleiz nach Auflösung der Fürstentümer und zum Kreis Lobenstein bis zur Kreisgebietsreform 1994 sei der Vollständigkeit halber erwähnt. Das  Wappen von Thimmendorf weist mit dem dargestellten Stier auf die Landwirtschaft und den Viehmarkt hin. Ursprünglich ein braunes Tier wird es heute als schwarz-bunte Rasse der Neuzeit dargestellt.

Die Landwirtschaft war für die Thimmendorfer Jahrhunderte lang die Haupterwerbsquelle. So fand bereits 1731 ein Johannismarkt in Thimmendorf statt. Der Johannismarkt ist ein Viehmarkt, wo aber auch allerlei an Haus- und Gebrauchsgütern feilgeboten wurde. Der damalige Fürst ernannte Thimmendorf zum Marktflecken und so fanden bis Ende der 30er Jahre des 20. Jahrhunderts bis zu acht Märkte im Jahr statt. Der Tradition folgend veranstaltet der Feuerwehrverein seit 1992 alljährlich mit viel Erfolg ein Markfest am Wochenende vor oder zum 24. Juni (Johannistag). Zwar wird heute kein Vieh zu diesen Marktagen mehr gehandelt, doch geben sich zahlreiche Händler und Gäste an diesem Wochenende u.a. mit Tanz, Kegeln und einem Holzsägewettbewerb ein Stelldichein.